云南省福利彩票发行中心成立于1988年，前身为云南省社会福利有奖募捐委员会办公室，2001年更为现名，是云南省民政厅的直属事业单位，具有独立的法人资格，财务实行独立核算。由中国福利彩票发行管理中心实施业务领导，负责全省福利彩票的发行、销售和市场管理，对全省16个州市级福利彩票管理中心进行业务管理。
云南省福利彩票发行中心目前共设9个部室，分别是：办公室、市场一部、市场二部、技术部、营销宣传部、财务部、党建与人力资源部、采购和资产管理部、监督检查室。
