2008年以前，彩票公益金实行财政专户管理。2008年以来，彩票公益金纳入政府性基金预算，实行“收支两条线”管理。

为加强和规范财政性资金管理，同时落实关于彻底清理预算外资金、将彩票公益金纳入预算管理的要求，结合实施政府收支分类改革，财政部积极研究彩票公益金纳入预算管理工作。2007年11月25日，财政部印发《关于下发（彩票公益金管理办法）的通知》（财综[2007]83号），彩票公益金开始实行预算管理模式。

从2007年起，财政部继续深化财政管理制度改革，全面实施政府收支分类改革。按照政府收支分类改革的要求，彩票公益金作为政府非税收入纳入政府收支分类体系，统一进行管理。

彩票公益金本质上属于彩民对社会公益事业的捐赠，不同于其他政府利用公共权力、以提供公共（准公共）产品或特定公共（准公共）服务为前提，获得的一般性财政收入。彩票公益金的特定属性，决定了其使用必须向公众公开、透明，使用结果定期向社会公告。因此，将彩票公益金按照政府性基金管理办法纳入预算，全面完整地反映收支规模和项目安排情况，有利于专款专用，也有利于接受社会监督。